3 июля 1940г. в 18:30 «Комет» вышел из Готенхафена (немецкое название Гдыни) в Норвегию, он перешел сначала в Берген, а 6 июля прибыл на рейд Кристиансанда. Здесь вспомогательный крейсер дозаправился с небольшого танкера «Эссо» (Esso), быстро покинул норвежскую базу и направился в сторону советского Заполярья. Первый этап своего пути «Комет» прошел замаскированный под советский пароход «Дежнев» (3578 брт, Мурманск).

4 августа в точке 69°18'с.ш., 56°19'в.д. должно было состояться рандеву с русскими ледоколами, но в точке встречи ледоколов не было. То ли по безалаберности, то ли «держали марку», то ли политическое руководство страны никак не могло принять окончательное решение. Тем не менее 13 августа «Комет» получил радиограмму из штаба с сообщением, что советский ледокол «Ленин» ждет его у входа в пролив Маточкин Шар с инструкциями и картами. Задержку объяснили отсутствием пилотов, которых пришлось искать, вызывать, ждать, а потом за ними заходить… В своем дневнике Эйссен охарактеризовал эти объяснения двумя словами – «советский балаган».

Первую часть Северного морского пути «Комет» прошел за ледоколом «Ленин» (капитан Николаев). 25 августа «Ленин» закончил проводку на своем этапе и оставил «Комет» в проливе Вилькицкого. 27 августа в точке 77°54'с.ш., 108°00'в.д. в проводку рейдера включился ледокол «Сталин» (капитан Белоусов). 30 августа «Сталин» передал немецкий рейдер ледоколу «Лазарь Каганович». 2 сентября русские ледоколы отказали немцам в дальнейшей проводке и потребовали, чтобы «Комет» повернул назад. Эйссен на это не согласился, а сопровождавший его советский ледокол «Лазарь Каганович» не очень и настаивал. Последние 600 миль тонкого льда с разводьями до Берингова пролива рейдер преодолел самостоятельно, без лоцманов и сопровождающих судов. Это признанный факт, тем не менее в комментариях к книге Руге «Война на море…» под редакцией В.А.Алфузова значится: «Утверждения Руге о широком техническом содействии, оказанным германскому вспомогательному крейсеру «Комет»… не соответствуют действительности». Это неправда, поскольку сохранились документы, согласно которым летом 1940 г. немецкий морской атташе в Москве Норберт фон Баумбах испросил согласия и получил разрешение на проводку северным морским путем «немецкого вспомогательного корабля с военным экипажем». Сумма за проводку «Комета» составила 950000 марок (или 80000 фунтов) и учтена во взаимных расчетах.

10 сентября, выйдя на чистую воду, «Комет», маскируясь под японское судно «Токио-Мару» (Tokio Maru), пристроился к четырем японским танкерам и в такой «компании» незаметно миновал линию американских дозоров. Есть разные версии этого эпизода – то ли японцы ничего не заметили, то ли молчаливо помогли кораблю своего стратегического союзника. В любом случае, когда эти обстоятельства стали достоянием гласности, последовал традиционный дипломатический протест со стороны Страны Восходящего солнца.

Начало рейдерства оказалось не очень удачным. Планировалось, что «Комет» направился к атоллу Эйлинглэп, но РВМ сообщило, что канадский вспомогательный крейсер «Принц Роберт» (Prince Robert) перехватил в море танкер-снабженец «Везер» (Weser), направлявшийся к атоллу Эйлинглэп. Вполне вероятным выглядело предположение, что капитан «Везера» не уничтожил карты и документы, где была нанесена точка встречи с «Кометом». По этой причине «Комет» изменил свои планы и направился в Коралловое море к Ламутреку, где 14 октября дозаправился с ожидавшего его судна снабжения «Кулмерланд» (Kulmerland)

Начиная с 18 октября «Комет» действовал в районе островов Южных морей, которые до Первой мировой принадлежали Германии. Вместе с «Орионом» он потопил 2 судна специально предназначенных для перевозки фосфатов – норвежские «Винни» (Vinni, 5181 брт, 1937 г. постройки, владелец Ditlev-Simonsen, Осло) и «Комата» (Komata, 3900 брт, 1938 г. постройки, наниматель Union Steamship Co. of New Zeeland, Веллингтон).

В планы Эйссена входил артиллерийский обстрел порта Рабаул на архипелаге Бисмарка. Артобстрел планировалось вести с большого расстояния, а тем временем под прикрытием залпов орудий в порт должен был ворваться торпедный катер и… Но двигатель бортового катера вышел из строя, и командир рейдера изменил свои планы. 27 декабря 1940 года в 3:00 ночи (или очень раннего утра?) «Комет» подошел к острову Науру и передал на берег сигналом рождественские поздравления. После этого последовало предупреждение населению о необходимости спрятаться в укрытиях и не использовать радиопередатчики. После непродолжительной паузы рейдер разрушил артиллерийским огнем 150-мм орудий британский завод по переработке фосфатов. Более всего досталось погрузочным сооружениям, так что поставки этого важного вида удобрений на несколько месяцев прекратились. Помимо завода были расстреляны два слипа для мелких судов и подожжены нефтехранилища. Сгорело 13000 топлива. Огнем 20-мм автоматов в порту были расстреляны все навигационные огни и буи.

Расстрел прекратился в 7:30, жертв среди населения не было. Интересно, что резонанс обстрела Науру первым делом пришел из Токио: хоть остров и контролировали англичане, основным потребителем этих фосфатов являлась Япония. Кроме того, японцы довольно ревниво относились к немецкой активности в районе Южных морей, еще недавно принадлежавших Германии, а теперь управляемых Японией по мандату.

В течение января-февраля «Комет» патрулировал в антарктических водах, однако на его пути встречались исключительно японские суда. Например, 22 февраля рейдер встретил японскую рыболовную базу «Nisshin Maru» (16801 брт), а позже, в последние дни февраля, в точке 65°ю.ш., 125°в.ш. пути «Комета» пересеклись с японской китобойной флотилией и базой «Tonan Maru» (19262 брт). Японцы заверили немецких моряков, что не встречались с европейскими китобоями в этих водах уже несколько лет. Проблема тут состояла в том, что антарктические моря были «поделены» между рыбаками крупных морских держав. Англия и Норвегия в основном ловили в квадрате 80-100°в.д., 62-23°ю.ш. РВМ этого не учло и направило «Комет» в японскую зону лова… Сообщение об этом «Комет» передал в штаб. В ответной радиограмме РВМ рекомендовало прекратить поиск рыбаков противника и идти на Кергелен для встречи с рейдером «Пингвин» и судном обеспечения «Альстертор» (Alstertor). 8 марта рандеву состоялось. С «Альстертора» на «Комет» было передано 625 снарядов 150 мм, в том числе 25 – зажигательных, и 800 снарядов 37 мм.

21 мая «Комет» встретил «Адъютанта». История этого судна будет описана отдельно. А пока ограничимся справкой, что это было одно из норвежских китобойных судов, захваченных рейдером «Пингвин» в Антарктике, переданное РВМ для совместных действий командиру рейдера «Комет». Эйссен использовал его для минных постановок на подходах к наиболее важным портам Новой Зеландии. Мины были поставлены в июне. «Комет» действовал у западного побережья Австралии до конца мая.

9 июля был получен приказ о награждении всех членов экипажа рейдера Железными крестами II класса, а для пятерых моряков «Комета», уже имевших такую награду, были выделены Железные кресты I класса. Но награды наградами, а жизнь рейдера текла своим чередом. 14 июля в условной точке Balbo (29°ю.ш., 152°з.д.) рейдер встретился с транспортом снабжения «Анна-Лиза Эсбергер» (Annaliese Essberger, 5173 брт, капитан Прам (Prahm)). Co снабженца с большим трудом удалось перекачать 690 т топлива, причем на это потратили почти 7 дней.

В августе рейдер, выйдя из австралийских вод, пересек Тихий океан и прибыл в район Галапагосских островов. 14 августа он потопил здесь английское судно. Это была его первая жертва со времени совместного с «Орионом» рейда на остров Науру, проведенного в декабре 1940 года. Через три дня «Комет» захватил голландское судно «Кота Нопан» (Kota Nopan, 7322 брт, владелец Rotterdamer Lloyd, Роттердам), шедшее с грузом продуктов, каучука и марганца из Макассара в Америку, а затем, 19.08.41, потопил крупное английское судно «Дивон» (Devon, 9036 брт). Дальнейшая судьба «Кота Нопан» достаточно интересна и вынесена в отдельную статью в главе «Блокадопрорыватели и призы». Ну а «Комет», собрав таким образом богатый урожай в водах, которые ранее не посещались рейдерами, пошел на юго-запад для встречи с «Атлантисом» и судном снабжения, с которого он принял топливо.

Командир «Комета» капитан цур зее Эйссен был во время рейда произведен в контр-адмиралы. (Вероятно, эта была оценка важности не только самого рейда, но и проведенной гидрографической разведки по трассе Севморпути). При встрече с «Кометом» «Атлантис» с немалой долей иронии отдал ему почести как флагманскому кораблю: флагами расцвечивания и салютом из зенитного автомата. Как следует из дневников офицеров «Атлантиса», шутка не дошла. Эйссен воспринял все, как должное, и, принимая офицеров другого германского рейдера, был важен, искренне считая себя главнокомандующим всеми рейдерами в океане.

 24 октября рейдер и его приз «Кота Нопан» получили приказ возвращаться во Францию. Первые дни пути суда двигались вместе, но в районе мыса Горн шторм разлучил их. 26 ноября рейдер в охранении подводных лодок прибыл в Шербур. 30 ноября 1941 г. он возвратился в Гамбург. За пятнадцать с половиной месяцев плавания «Комет» самостоятельно потопил всего три судна общим тоннажем 21378 брт, но совместно с «Орионом» потопил еще семь судов (43162 брт). Таким образом, на его долю приходится по усредненной оценке шесть с половиной судов общим тоннажом 42959 брт.

14 октября 1942 г. рейдер «Комет» был подготовлен для повторного выхода в рейд под командованием капитан цур зее Боркзина (Brocksien). Но во время прохождения Ла-Манша был потоплен британским торпедным катером МТВ-236 у мыса Ла-Хаг, несмотря на охранение из миноносцев 3-й флотилии – Т-4, Т-10, Т-14 и Т-19. В дальнейшем ни одному вспомогательному крейсеру не удавалось больше прорваться из Германии в Атлантический океан.